2002年2月，环境保护局从建设环保旅游局划出单设环境保护局，为政府一级事业单位。2002年3月，宝兴县编制委员会以宝编发[2002]第9号文确定了宝兴县环境保护局内设机构为：综合室、建设项目管理科、污染控制和监察大队。
2002年8月，宝兴县编制委员会以宝编发[2002]第46号文批复同意宝兴县环境保护局设立环境监察大队，享受副科级待遇，并配备执法人员10人，全员参照公务员进行管理。
2008年5月，宝兴县机构编制委员会以宝编委[2008]第10号文《关于调整宝兴县环境保护局机构设置的通知》，将宝兴县环境保护局由原来的直属事业单位调整为县政府组成部门。
宝兴县环境保护局机构设置表
人员编制情况
2002年2月，宝兴县编制委员会以宝编发[2002]第9号文核定宝兴县环境保护局事业人员编制为10人。其中，设局长1人，副局长1人，事业人员8人;环卫所配备街道清洁工10人。
2002年8月，宝兴县编制委员会以宝编发[2002]第46号文核定宝兴县环境保护局环境监察大队事业编制人员10人。
2008年5月，宝兴县编制委员会核定宝兴县环境保护局人员编制为13人。其中，设局长1人，副局长1人，干部7人，工人4人。
2009年3月，宝兴县机构编制委员会以宝编委[2009]03号文《关于核定环境监察执法机构行政执法类事业编制的通知》，核定宝兴县环境保护局行政编制5名，行政执法类事业编制8名。明确宝兴县环境监察大队为宝兴县环境保护局的内设机构。